云南省肿瘤医院（昆明医科大学第三附属医院 云南省癌症中心）是云南省肿瘤诊疗质量控制中心，国家卫生计生委肺癌、食管癌、大肠癌等肿瘤早诊早治基地，云南省肺癌国际合作示范基地，云南区域性高发肺癌研究协同创新中心、分子肿瘤学国家重点实验室云南省肿瘤医院转化医学中心和国家药物临床试验（肿瘤学）机构。教育部国际合作联合实验室“分子诊断中心”被评为欧洲病理质控中心、国家卫计委病理质控评价中心（PQCC）分子病理示范实验室，是云南省唯一一家入选单位。

医院拥有教育部高原区域性高发肿瘤国际合作联合实验室、云南省肺癌研究重点实验室、云南省细胞治疗技术转化医学重点实验室（共建）、云南省高校肿瘤防治重点实验室等4个重点实验室，詹启敏院士工作站、陈颉院士工作站、李孟鸿专家工作站、邱录贵专家工作站、郭军专家工作站、李印专家工作站等六个省级工作站，是昆明医科大学第三附属医院博士后科研工作站、昆明医科大学临床医学博士后流动站，10个研究中心和7个省级创新团队。 

2016年云南省大病救治办公室和云南省癌症中心在我院相继设立成立，2017年医院以优异成绩进入国家疑难病症诊治能力提升工程项目储备库2018年云南省肿瘤医院互联网医院正式成立，互联网医院以云南省癌症中心为平台，以“互联网+医疗健康”服务体系为载体，以肿瘤专科联盟为基础为肿瘤患者提供同质化的线上、线下医疗服务。2021年3月，省卫生健康委同意设置云南省肿瘤医院自贸医院（昆明医科大学第三附属医院自贸医院），规划床位1499张。2021年6月，国家发展和改革委、国家卫生健康委、国家中医药管理局联合发布《关于第二批区域医疗中心试点项目有关事项的通知》批准建设北京大学肿瘤医院云南医院项目，建设方案要点中明确北京大学肿瘤医院为输出医院，云南省肿瘤医院自贸医院为依托医院，共同建设国家肿瘤区域医疗中心项目。

医院先后荣获全国百姓放心示范医院、全国百姓放心百佳示范医院、全国人文爱心医院、云南省卫生计生系统先进集体等荣誉称号。

医院核定编制床位2500张。现有工作人员2389人；其中，专业技术人员2233人，高级职称人员322人。现有国家百千万人才工程1人，国家有突出贡献中青年专家1人，云南省 “高层次人才培养支持计划”云岭学者3人、名医25人、青年拔尖人才11人，云南省“高层次人才引进计划”青年人才6人， “国贴”4人，全国优秀科技工作者1人，“省突”10人，“省贴”9人，云南省中青年学术和技术带头人6人、后备人才8人，云南省医学领军人才8人，云南省医学学科带头人25人，云南省医学后备人才9人。