三亚崖州湾科技城位于海南省三亚市西部，毗邻南山文化旅游区和大小洞天风景区，规划面积为26.1平方公里，重点打造“一港、三城、一基地”（南山港、南繁科技城、深海科技城、科教城和全球动植物种质资源引进中转基地）。

海南自由贸易港三亚崖州湾科技城，作为11个重点园区之一，深入贯彻落实习近平总书记关于海南自贸港建设的重要指示精神，对照《海南自由贸易港建设总体方案》，全力抢抓有利时机，落实政策早期安排，完善治理架构、强化顶层设计、服务科技创新，切实促进高新技术产业集聚，加快推进科技城高质量高标准开发建设。

南繁科技城规划面积约4.02平方公里，是以南繁科技产业为核心，围绕动植物育种科技、国际种业交易、种质资源产权交易、生态土壤肥料、种业知识产权交易、热带特色农科六大方面，致力于打造产业化、市场化、专业化、集约化、国家化的国家南繁科研基地与国家热带农业科学中心。

深海科技城规划面积约5.39平方公里，是以海洋科技产业为核心，重点集聚深海科技、海洋产业和现代服务三大领域。在深海科技方面，主要发展深海装备、深海材料和深海通讯等；在海洋产业方面，主要发展海洋船舶、海工装备和海洋公共服务等；在现代服务方面，主要发展会展服务、金融服务和商务服务等，未来还将在深海养殖、人工鱼礁和海洋生态保护等领域进行积极探索。

南山港规划面积约2.76平方公里，是三亚市优化城市布局，改善城市环境的基础工程之一，也是三亚崖州湾科技城不可或缺的组成部分及深海科技城建设的重要前置条件。目前围绕中船重工、中船工业和中科院深海研究所等入驻单位提出的码头岸线及用地需求，规划形成岸线总长（含现有岸线）7165延米，形成陆域面积（含现有陆域）2.76平方公里。未来将进一步统筹规划，适应新的发展形势，推动港城协调发展。

科教城城规划面积约4.54平方公里，是以海洋、农业科研产业为核心，以高水平科研机构和高等院校为载体，重点发展内容包括与深海科技和南繁科技形成产学研一体化相关的教育科研、公共科技研发服务和创新创业孵化与转化平台等三个方面。

全球动植物种质资源引进中转基地规划面积约0.5平方公里。该基地将引入全球动物、植物、微生物种质资源，具备检验隔离、战略储备、产业应用、国际贸易交易等功能，成为海南自贸创新、产业核心竞争力塑造以及国家种质资源全球竞争力升级的“四梁八柱”项目。