厦门大学附属中山医院（厦门中山医院）始建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成，时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长。随着厦门经济特区发展，厦门中山医院作为特区重点配套项目迁址重建，于1988年7月1日复办开诊，2005年成为厦门大学首家附属医院，现已发展成为集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院。医院曾连续四年荣获“国考”全国三级公立医院绩效考核A+等级评价，连续入选三届中国医院竞争力排行榜“顶级医院100强”。

医院目前拥有3个院区（院本部、金榜分部、厦禾分部），本部占地面积约5.7万平方米；金榜分部占地面积约2600平方米；厦禾分部占地面积约1548平方米。医院现有编制床位2500张，拥有教职员工3300余人，其中副高以上专家889名、硕士及博士950名、硕士生导师和博士生导师122名，承担厦门大学医学院、福建医科大学、厦门医学院等多所医学院校临床专业课程教学工作，也是厦门大学、福建医科大学博士硕士研究生培养单位。 

医院设有50个临床及医技科室，目前拥有：

国家临床重点专科：消化内科、心内科、大普外科（建设项目，含胃肠外科、普外科、肝胆胰外科、血管外科、乳腺外科、肿瘤微创与介入治疗科）、骨科（建设项目,含关节外科与运动医学科、脊柱外科、创伤骨科、手足与显微外科）。

福建省临床重点专科：消化内科、肝胆胰外科、大普外科（胃肠外科、普外科、肝胆胰外科、乳腺外科、血管外科）、肾内科、康复医学科、皮肤科、中医科、神经内科、骨科（关节外科与运动医学科、脊柱外科、创伤骨科、手足与显微外科）、重症医学科（重症医学科、急诊ICU）、呼吸与危重症医学科、神经外科、胸外科、医学检验科、临床护理。

市领先学科：消化内科、肝胆胰外科、胃肠外科、关节外科。

市临床重点学科：消化内科（拔尖专科建设项目）、耳鼻咽喉头颈外科（拔尖专科建设项目）、神经内科、专科护理、血液科、内分泌科、胸外科、超声科、肿瘤微创与介入治疗科。

市规划重点专科：老年病康复科、非传染性呼吸系统疾病诊治专科、病理科、急救医学、前列腺疾病专科、糖尿病肾病科、产科危重症。

市医学优势亚专科：嗓音医学、神经血管介入、前列腺疾病诊治、甲状腺疾病诊治、急救重症医学。

名医工作室：钟南山院士名医工作室、董家鸿院士名医工作室、李兆申院士名医工作室、王坤正主委名医工作室、徐惠绵主委名医工作室。

国家级和省、市级医学中心：国家消化系统疾病临床医学研究中心福建省分中心、国家高级卒中中心、福建省肠道微生态与消化系统疾病防治临床医学研究中心、厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心、厦门市卒中质控中心、厦门市脑血管疾病临床医学研究中心。

医学研究所：厦门市老年疾病康复研究所、厦门大学消化疾病研究所、厦门大学医学院胃肠道肿瘤研究所、厦门大学医学院微生态研究院、厦门大学医学院传染病研究所、厦门大学医学院医学影像研究所、厦门大学医学院嗓音医学研究所、厦门大学医学院骨关节病研究所。

省市重点实验室/科研平台：福建省慢性肝病肝癌重点实验室、厦门市消化系统肿瘤转化医学重点实验室、厦门市临床检验重点实验室、厦门市肠道微生态与健康重点实验室、厦门市核医学分子影像临床转化重点实验室、厦门市胃肠肿瘤重点实验室、厦门市骨关节病研究重点实验室、厦门市血源性传染病基础研究与转化重点实验室、厦门市嗓音医学基础及应用重点实验室、厦门市细胞介入治疗与介入材料重点实验室、厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台、国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心福建临床创新技术研发基地。

国家级和省级培训中心/基地：国家首批普通外科专科医师规范化培训基地、国家住院医师规培基地、中华医学会消化内镜培训中心厦门培训基地、中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地、中国医师协会消化内镜医师培训基地、卫生部临床药师培训基地、全国健康管理示范基地、中华医学会消化内镜培训中心、中国医师协会神经内镜培训中心、福建省超声医学培训基地。

此外，医院还是国家药物临床试验机构、国家医疗器械临床试验机构、人体器官移植医院。