重庆南开中学创建于1936年，是著名爱国教育家张伯苓先生创办的南开系列学校之一。学校因爱国和教学质量高而闻名。抗战期间，毛泽东、周恩来、华莱士等政要多次光临南开中学，重庆南开是抗战时期中国基础教育的典范。

建校80年来，学校先后为社会输送了7万余名祖国各个领域的骨干。他们中有20余位国家和省部级领导，有33位院士，有将军、教授、艺术家和经济学家等。国务院副总理邹家华，中国科学院院长周光召，中国工程院院长朱光亚，国家最高科技奖获得者张存浩，著名科学家邹承鲁，著名经济学家吴敬琏、茅于轼，著名理论家郑必坚，著名词作家阎肃，南极科学考察队队长颜其德，“大爱铸忠魂”的中华信仰楷模冯理达，中华骨髓库跨国捐髓第一人吴渝，抗震救灾中“最美的微笑”盛于峰，2009年感动重庆十大人物庹蓝兰，2016年“感动中国”十大人物秦玥飞等人都是重庆南开中学的校友。

重庆南开中学坚持全面推进素质教育，不断提高教育质量。自20世纪80年代开始，南开中学就率先以课程设置改革为突破口，探索学校内涵发展、特色建设的新途径。目前学校已经建立起了有南开特色的必修课－选修课－自修课和学科课程－活动课程－隐性课程有机结合、相互补充的“公能”课程体系，并以“普通高中特色校本课程的开发与实践”课题成果获得了2014年国家教学成果奖一等奖。南开中学每学期开设40余门选修课，特色活动课程“南开讲坛”邀请了中科大校长朱清时、香港理工大学校长潘宗光，以及北大、清华、人大、南京大学等著名高校的院士、教授、学者前来演讲，每周一讲，已达280余讲，并正式出版了《南开大讲堂》第一辑、第二辑。

学校的体育、艺术、科技活动丰富多彩，成果突出。女子篮球、田径、排球、足球、网球、板球、棒球、高尔夫球、乒乓球、跆拳道、国际象棋等运动队，在各种竞技中屡创佳绩。群众体育活动丰富多彩，每年一届的全校运动会，高一年级的篮球联赛、高二年级的足球联赛、高三年级的排球联赛，以及自2012年开始改革的课间操，都受到全校学生真切期盼。艺术方面，合唱、民乐、管乐、舞蹈等团队有着很高的表演水平，多次获奖。每年组织艺术活动月，通过艺术特长生专场汇报演出、年级歌咏比赛、学校迎新晚会、雷雨话剧节、电波达人校园歌手大赛等活动，使全校师生体验艺术魅力，增强艺术修养。科技活动丰富多彩，2005年以来，5人荣获中国青少年科技创新奖，25人获得重庆市青少年科技创新市长奖或市长奖提名奖， 80余人次获国家级科技创新奖项，近600名学生在各种科技比赛中获得奖励，校园里洋溢着蓬勃的创新气息。

南开中学秉持“允公允能，日新月异”的校训，坚持以培养高层次、高素质、创新型人才为方向，使学生既具备世界眼光，又有中国情怀；既全面发展，又学有特长。多年来，重庆南开中学的重点大学升学率都遥居全市榜首。1997年重庆直辖以来，南开中学有千余名学生考入北京大学、清华大学，9000余名学生考取“985”重点大学，600余人考取哈佛大学、剑桥大学、耶鲁大学、香港大学等世界一流高校。由于出色的办学业绩，重庆南开中学被誉为“中学里的大学”和“办中学的一面镜子”。2017年11月被中央文明委授予“全国文明校园”荣誉称号。