安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等现代化综合性教学医院，安徽首家、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审。在国家卫生健康委公布的全国三级公立医院绩效考核（国考）中位列全国71名，连续三年稳居A+等级。医院现拥有2个国家临床重点专科，13个省临床重点专科，1个省级临床研究中心,1个教育厅重点实验室，12个学科位居中国医院科技量值全国百强，6个学科入选五年总科技量值全国百强。拥有安徽首台MAGNETOM Vida 3.0T核磁共振成像设备，第四代“达芬奇”手术机器人设备和新一代高清动态放射外科全流程智能数字化平台直线加速器。2022年，医院高分通过了中国血友病诊疗中心建设项目评审，正式成立安徽省首家血友病诊疗中心；2021年获批肝肾器官移植资质以来，已开展肝肾移植手术76例。2024年获批国家级博士后工作站，在站博士后58名，博士后导师38名。

医院目前开放床位2650张，职工3270人，其中高级职称550人、博士347人、博导77人、硕导285人。拥有国家和省级人才119人次，入选国家百千万人才工程人选1人、国家重点人才计划青年项目入选者1人、享受国务院特殊津贴5人、省政府特殊津贴4人、国家卫生健康突出贡献中青年专家2人、国家卫生计生突贡中青年专家1人、省学术技术带头人及后备人选20人、江淮名医14人、省杰青3人、优青5人、皖江学者特聘教授1人、青年皖江学者2人、省卫生系统青年领军人才9人、省“特支计划”人才3人，拥有2个“115”产业创新团队。

医院拥有规范化的中心实验室和标本库，为临床科研提供了坚实的平台支撑。近年来，医院获批120项国家自然科学基金项目。作为安徽医科大学直属附属教学医院，现有博士点15个、硕士点24个，医院教学师资充足，设施齐全，建有占地约1000平方米的临床教学技能培训中心和教研室用房，是美国心脏协会（AHA）心血管急救培训中心、国家住院医师规范化培训基地。医院重视国际学术交流与合作，与美国、德国、澳大利亚等国家的知名院校和医疗机构在科研创新、人才培养、学科建设和科室管理等多方面开展交流与合作。