中国科学院昆明植物研究所始建于1938年，是中国科学院直属科研机构，是我国植物学、植物化学领域重要的综合性研究机构，以“原本山川 极命草木”为所训，旨在认识植物、利用植物、造福于民。

现有国家级科研平台4个：植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国西南野生生物种质资源库、国家重要野生植物种质资源库、植物多样性与资源持续利用示范性国际科技合作基地；省部级科研平台7个：中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、中国科学院天然活性小分子功能发掘工程实验室、云南省天然药物化学重点实验室、云南省野生资源植物研发重点实验室、云南省极小种群野生植物综合保护重点实验室、云南省真菌多样性与绿色发展重点实验室、天然药物活性筛选国家地方联合工程实验室(云南)；建有两个科学植物园：昆明植物园和丽江高山植物园。国家级野外台站1个：云南丽江森林生物多样性国家野外科学观测研究站。省级野外台站2个：丽江森林生态系统云南省野外科学观测研究站、迪庆白马雪山高山冰缘生态系统云南省野外科学观测研究站。   

植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室收集保存单体化合物11546个，植物提取物5403份，涵盖200多个科、610个属、1200多种植物，是国际重要的天然产物中心之一；中国西南野生生物种质资源库截止2022年底已保存野生植物种子11305种90738份（达我国有花植物物种总数的三分之一）；植物标本馆（KUN）馆近三年进馆标本超过23万份，是我国第二大植物标本馆；昆明植物园引种栽培植物8840余种，建有国内单体面积最大的植物温室“扶荔宫”。