新疆出入境边防检查总站是国家移民管理局垂直领导管理机构，为正局级，人民警察编制，加挂“新疆维吾尔自治区公安厅边境管理总队”牌子。前身为中国人民武装警察部队新疆边防总队。下辖16个出入境边防检查站、10个边境管理支队和2个专训机构。主要担负出入国（边）境人员、交通运输工具出入境边防检查，口岸限定区域管理，审核签发外国人临时入境许可，实施边控工作，防范查处非法入境活动；实施进出边境管理区人员、交通运输工具管理，边境地区治安、户籍管理，边境地区出入境通行证等签发管理，侦办妨害国（边）境管理犯罪案件，协助查处边境地区其他刑事犯罪活动等。

新疆是祖国的西大门，在国家边海防全局中具有重要的战略地位，新疆出入境边防检查总站作为中央驻疆国家机关，紧紧围绕新疆社会稳定和长治久安总目标，继承和发扬武警边防部队的优良传统，牢牢守护着5700多公里边境线和20.8万平方公里的边境辖区的安全。涌现出了被国务院、中央军委授予“模范边防检查站”荣誉称号的红其拉甫边检站，连续七次被国务院评为“全国民族团结进步模范集体”，被中共中央表彰为“全国先进基层党组织”，被公安部命名为“枫桥式公安派出所”的下马崖边境派出所，被中华全国总工会授予“全国五一劳动奖状”的八十间房子边境检查站，全国“人民满意的公务员”孙超，全国民族团结进步模范个人肖合来提·阿尔吐克，全国公安系统二级英雄模范陈磊、贾依河·赛力克，全国特级优秀人民警察张雷、全国公安机关爱民模范焦加强，全国移民管理机构十大国门卫士陈畅等模范集体和个人。万余民警始终牢记初心、不辱使命，忠诚履行着维护国家安全、边境口岸稳定、服务促进经济社会发展的神圣职责。