2001年，云南省疾病预防控制中心(云南省预防医学科学院)成立，是政府实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，是云南省疾病预防控制及公共卫生技术管理指导中心。

拥有生物安全二级、三级实验室和P2+移动检测平台，可开展新冠病毒感染、高致病性禽流感、埃博拉出血热等病原微生物和理化、毒理、卫生微生物等检测项目。2005年通过国家计量认证和实验室认可，2015年通过ISO9001质量管理体系认证，2023年加挂云南省预防医学科学院，2024年纳入国家区域公共卫生中心建设项目储备库。

先后建成脊髓灰质炎、流感、麻疹等世界卫生组织认证认可的3个实验室;获得高致病性病原微生物实验室，国家麻疹、流感网络实验室，省级流感参比中心，国家食品安全风险监测云南中心，职业卫生技术服务机构资质等国家认证实验室及资质18项。建有国家移动防疫中心和国家突发急性传染病防控队2支国家应急队。

建有博士后工作站，是国家公共卫生医师资格考试实践技能考试基地，与四川大学华西公共卫生学院、华中科技大学同济医学院公卫学院、昆明医科大学公卫学院、大理大学公卫学院共建研究生联合培养基地。中心艾滋病防控创新团队入选省级研究创新团队，获批设立云南省医疗卫生单位5个内设研究机构(云南省结核病研究中心云南省艾滋病研究所、云南省食品安全与营养研究中心、云南省麻风病研究中心、云南省肠道病毒研究中心)。先后承担“十五”国家科技攻关项目，“十一五”“十二五”“十三五”国家科技重大专项研究课题。近5年来，获各类科研项目77项，获各类科技成果奖励27项，发表学术论文923篇，其中SCI收录125篇。获专利25项。

先后获全国卫生计生系统先进集体、全国“五一”劳动奖状，全国疾病预防控制先进集体，全国卫生应急先进集体，全国抗击新冠肺炎疫情先进集体，全国艾滋病防治工作先进集体、全国食品安全工作先进集体、百家全国卫生系统思想政治工作先进单位、全国青年文明号、全国先进基层党组织等荣誉称号。干部职工先后获国家和省级劳动模范、“三八”红旗手，“中国好医生”、全国抗击新冠肺炎疫情先进个人、“兴滇人才”，“云岭名医”、“云南省优秀医疗卫生人员”、“云南健康卫士”等荣誉称号。