上海市第六人民医院始创于1904年，其前身为上海西人隔离医院，是一家历经百余年积淀的大型三级甲等综合医院。2002年成为上海交通大学附属医院，2021年2月原上海市第六人民医院东院整建制正式并入上海市第六人民医院，开启了两院一体化高质量发展的新征程。2022年成为上海交通大学医学院附属第六人民医院。目前，医院设有徐汇、临港两个院区；核定床位2366张（批复床位3226张），其中徐汇院区1766（批复床位2026张）张、临港院区600（批复床位1200张）张；临床医技科室52个。近五年来，医院年门急诊量最高突破500万人次，年出院人次最高达到近15万人次，年住院手术最高超过11万人次。

1980年，陈中伟教授因在骨科断肢再植领域的卓越贡献当选为中国科学院院士。2003年，项坤三教授因在糖尿病遗传学领域的卓越贡献当选为中国工程院院士。2021年贾伟平教授因在糖尿病防治领域的杰出成就当选为中国医学科学院学部委员，同年11月当选为中国工程院院士。医院还拥有国家973首席科学家1名、国家卫健委突出贡献中青年专家5名、国家自然基金委杰出青年基金项目获得者2名、万人计划科技创新领军人才计划1名、万人计划青年拔尖人才支持计划入选者1名、教育部新世纪优秀人才培养计划入选者2名、人社部百千万人才工程入选者3名、国家自然基金委优秀青年基金项目获得者4名、青年长江学者1名、上海市优秀学术/技术带头人18人、上海市领军人才15人、享受国务院特殊津贴专家14人。医院是上海交通大学博士学位研究生及博士后培养基地，有博士研究生导师104名、硕士研究生导师158名。

医院现有国家临床重点专科6个（骨科、内分泌代谢科、耳鼻咽喉科、医学影像科、运动医学科、急诊医学科），国家重点学科3个（骨外科学、内分泌与代谢病学、心血管病学），国家中医药管理局重点专科1个（针推伤科），国家卫生健康委妇幼司国家更年期保健特色专科1个（妇产科），上海市“重中之重”临床医学中心2个（创伤骨科与骨关节疾病临床医学中心、内分泌代谢疾病临床医学中心），上海市“重中之重”临床重点学科2个（耳鼻咽喉科学、医学影像学），上海市医学领先重点学科3个（四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学），上海市临床重点专科“振龙头”系列2个（骨科、内分泌代谢科），上海市临床重点专科“展两翼”系列1个（医学影像科），上海市临床药学重点专科1个（药剂科），上海市卫计委中医临床优势专科1个（中医学），上海市重要薄弱学科5个（麻醉学、康复医学、儿科学、临床药理学、营养学）